Toaru Majutsu no Index SS -Biohacker Hen-

ようこそ上条当麻君、極彩色のアンダーグラウンドへ！

学園都市の路地裏で、上条当麻が出会ったのは二人の少女。
一人は蜜蟻愛愉、常盤台中学のお嬢様にして人の心を操る『心理穿孔』を扱う能力者。もう一人は雲川芹亜、謎の天才女子高生にして能力抜きで人の心を支配する話術の達人。

マイペースな彼女達に振り回される上条だが、そんな平穏も長くは続かない。
優しい時間を引き裂く者の正体は見上げるほど巨大な生き物、ドラゴン。それを作り、操り、望むままに戦力を蓄える『バイオハッカー』とは？

何故、蜜蟻愛愉は巨大生物に追われるのか。少女達を守るため、上条当麻は学園都市の深い『闇』へと踏み込んでいく。

全ては一年前。
上条当麻、中学三年の夏。食蜂操祈と共に過ごしたのとは違う、裏側の物語。上条当麻の原点がここに始まる。

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